从那以后改革大概经历三个阶段。第一个阶段1985年到1992年，当时的指导思想是提出科学技术要面向经济建设，经济建设要依靠科学技术。最开始的政策走向是什么？是堵死一头，网开一面。其实质是改革拨款制度，减少对科研机构稳定支持的事业费，增加竞争性的项目支持，让研究院所和科技工作者面向经济建设的主战场。所以当时的政策措施主要是改革拨款制度，开放技术市场调整组织结构，改革人事制度，建立高新技术产业开发区等。

第二个阶段，1992年到1998年。方新介绍说，这一阶段的标志是小平同志的南巡讲话，这一段的指导思想，是在前一阶段“面向”“依靠”基础上增加了“攀高峰”。科学技术不单是面向经济建设，而且要攀登科学技术高峰。这时候政策走向也有所调整，叫“稳住一头，放开一片”。“稳住一头”是希望稳住基础研究，稳住科技人员这支队伍。放开一片，是继续鼓励科技工作面向社会，面向经济建设。这一阶段的政策措施，包括增加各级政府对科技活动的财政投入，优化科技投入的结构，推进院所管理制度改革，鼓励各类科研机构变为企业、进入企业、与企业结合，支持和扶持技术中介机构等。

第三阶段，从1998年到现在。指导思想是科教兴国，建设国家创新体系。政策走向是加强国家创新体系建设，加速科技成果产业化。政策措施主要是推进科研机构的改革与转制，提升自主创新能力，培育企业创新能力，促使企业成为创新主体，大力推进成果转化，改革成果奖励制度等。

党中央国务院今年颁布的《关于深化科技体制改革，加快创新体系建设的意见》的指导思想，核心是提高自主创新能力，以促进科技与经济社会发展紧密结合为重点进一步深化科技体制改革，着力解决制约创新的突出问题，充分发挥科技在转变经济发展方式和调整经济结构中的支撑引领作用，加快建设中国特色的创新体系。改革的主要目标是，到2020年，基本建成适应社会主义市场经济体制、符合科技发展规律的中国特色国家创新体系；创新能力明显提高，若干领域创新成果进入世界前列；科技支撑引领经济社会发展的能力大幅提升，进入创新型国家行列。《意见》还明确了在“十二五”期间改革的六个具体的目标：确立企业在创新中的主体地位；推进科研院所和高等学校科研体制机制改革，提升创新能力和服务水平；完善国家创新体系，科技进步贡献率达到55%左右；改革科技管理体制，实现资源合理配置和高校利用；完善人才发展机制；优化创新环境，完善政策措施。

“从三十年改革的文本对照，我们看到了有一些变与不变。”方新分析说，首先是改革针对的基本问题没有变，加强科技和经济的紧密结合一以贯之。二是创新主体制度变革和能力建设的探索始终如一，“包括企业、研究院所和高等学校，怎么样推动它自身的深入改革和提升它的创新能力。”三是充分调动科技人员积极性创造性。“主要的政策工具也没变，靠的还是科技资源的优化配制。通过资源调整推动改革。”

另一方面，方新谈到不变的同时，强调改革又确实是在不断地深化。从主要任务看，以往的改革，特别是1985年开始的改革，它的主要任务是突破旧的体制，是对在长期计划体制下形成的科技体制，力求有所突破。而当前的主要任务是要建设国家创新体系，那个时候最重要的任务是“破”，而现在最重要的任务是要“立”。

其次，方新认为，当时的改革实际上是单项推进。因为在经济体制、政治体制都没有全面改革的背景下，要推进科技体制改革只能单项推进科研院所、高等学校、科研体制的改革。

“而本次改革的特点是要创新驱动发展，是全面的推进。”方新说。当时的改革是以科研院所为重点，现在的改革重点是要推动企业成为创新主体。当时的改革是以破为主，大刀阔斧，重点突破。这一次的改革是以立为主，要建设创新体系，更关注的是整体推进、全面配套。以往的改革更强调市场化方向，因为是在计划经济体制下启动改革的。而现在的改革，更要考虑路径选择的合理性和实施方案的可行性。此外，改革的重点也发生了变化，1985年，更多的是在微观的运行机制上变革，这一次是力图在宏观的管理体制和机制上有所变革。