在实施“2011计划”之前，国内高校中已经以政府主导实施了“211工程”、“985工程”等一系列计划。在中国科学技术大学校长侯建国看来，这些计划一方面促进了高校大跨越式发展，但也使得大学出现了一定程度的发展模式趋同化，而“2011计划”需要在这方面加以避免。

“我觉得‘2011计划’和‘211工程’、‘985工程’是不太一样的，因为到目前为止，教育部也没有一个很明确的文件说什么叫‘2011计划’。在不限高校、不限形式、参与主体多元化的背景下，我们需要考虑如何进一步凸显各个大学的特色。”侯建国说。

在他看来，协同创新不等于科研合作，因为大学和大学之间的合作，尤其是研究型大学之间的合作，其目标、任务是一样的，所做的事情也是一样的，这样的合作要达到长久，就应做到你中有我，我中有你，而非你我不分，但如何才能发挥协同优势，这需要大学之间认真考虑彼此的优势、特色在哪里，并在合作中努力确保各自优势、特色的最大化发挥，而非特色同质化。

与之类似的还有大学和研究机构、企业之间的合作。侯建国表示，在这类合作中，大学也要注意不去做研究机构和企业的事情。“从自由探索到企业产品的研发是一个很长的链条，大学的价值导向和企业是完全不一样的，很多时候，我们都过于强调大学在科技成果开发，甚至办公司方面的作用，结果反而适得其反，这方面我们已经有了很多教训。”

侯建国强调，在科研成果的应用方面，大学的“腿”不宜伸得太长，否则会影响大学的价值导向，甚至影响大学育人的核心工作。“理想情况是大学、企业相互合作，各负其责、各得其所，真正形成一个满足从基础探索研究到产品研发创新的新链条。”

在这个过程中，基础研究和产品、市场之间，通常被认为存在一个转移、转化的障碍，这种障碍常被称为科技成果应用转化的“死亡之谷”，如何跨越“死亡之谷”也是很多人不得不面临的一个难题。

对此，侯建国表示跨越“死亡之谷”不是让大学直接去开发市场、开发产品，而是应该有一个很好的通道和链条。“中科大过去是以基础研究而见长的，但由于安徽省已经将科技创新作为城市建设一个重要方面，我们也准备成立一个中国科大先进技术研究院。在这里，我们希望能够以体制机制为突破口，作为学校主体教学科研的外延，促进基础研究成果向现实生产力的转化。”侯建国表示，一项技术只有通过与市场的对接、融合，才能切实推进产业进步。在这方面，除了政府的支持、机制的协同创新外，也需要学校本身作更多努力。